收容處理作業流程
一、工作人員：
依行政院核定至少應包括負責人、合格獸醫師、動物管理人員及技工等各一名，惟礙於經費目前編制負責人兼獸醫師一名，臨時工三名。
二、每日例行工作：
所有新進動物皆須於消毒清洗室進行個體之清洗及消毒，使動物本身之病原微生物及體外寄生蟲均受到嚴密管控。
依據動物的年齡、性別、體型、生理狀態等分開留置並做成紀錄。
維持欄舍清潔。
供應足夠的飼料及乾淨的飲水。
走失動物協尋及領回。
三、視動物繫留狀況積極辦理或配合民間動物保護團體聯合舉辦領養活動，讓所有適合民眾飼養之動物重回人類家庭，增進中途之家收容能量。
四、各鄉鎮市公所送交動物：
各公所人道捕捉流浪動物後應填具動物點交清單逕依時程表於每日下午二時至四時(大同、南澳鄉或專案捕捉另以電話預約告知)送交中途之家點收及處理。
中途之家工作人員於點收流浪動物後，應先以全頻式晶片判讀器掃瞄，如動物有身分標示應儘速通知飼主依規定辦理領回；無身分標示者移進隔離舍進行隔離(隔離期間如有「動物保護法」第十二條第一項第五款之情事者依法逕行處理)，等待失主前來認領。
凡適合民眾領養之動物移入一般收容舍等待領養。
五、民眾送交動物：
民眾依法自行捕捉或拾獲流浪動物送交中途之家時，須填寫「民眾拾獲送交動物接收紀錄」經中途之家點收後，無從辨識身分，或經依寵物登記或其他可資辨識之資料通知原飼主，自通知之日起超過七日未領回者，中途之家得公告民眾認養，或予以絕育或其他收容管理之必要措施。
六、 飼主領回遺失寵物：
飼主經通知或自行前往中途之家認領寵物時，應攜帶本人身分證件、寵物登記證及狂犬病預防注射證明文件，填寫「領回寵物切結書」並依前項收費標準繳交相關費用後始得領回寵物；如未辦理寵物登記或狂犬病預防注射已逾有效期限之寵物，應補辦登記或狂犬病預防注射後始得領回。
七、 民眾領養流浪動物：
民眾自行前往中途之家或參與定期舉辦流浪動物領養活動辦理領養時，應攜帶本人身分證件填寫「領養流浪動物切結書」並依寵物登記、狂犬病預防注射及絕育補助等相關優惠措施繳交必要費用，送養之動物經完成寵物登記、狂犬病預防注射及絕育手術後交予民眾攜回。