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為降低家畜禽水產動物疫病，本所派員至各鄉鎮巡迴訪視宣導時，加強輔導各項免疫計劃及疫情輔導改善以減少農民經濟損失。
因應國內動物疫病增加且趨於複雜，本所除強化儀器設備汰換更新，另加強家畜禽水產防疫人員教育訓練及各防疫機關及學術單位交流，建立標準檢驗SOP流程及並縮短診斷時效，期發揮最佳鑑定能力。
本所疾病診斷服務項目包括：寄生蟲檢查、病原菌鑑定、藥物敏感性試驗、病理檢驗及血清抗體檢測。
病性鑑定
寄生蟲檢查
病理檢驗
病毒檢測